Die Unterschiede liegen hauptsächlich in den Definitionen. Beide Begriffe haben eine lange Geschichte. Unter Magier versteht men eher Leute, die mit einem hierarchischen System arbeiten: Babylon und andere Kulte aus dem nahen und mittleren Osten (das Wort Magier kommt von dort), Ägypten, Griechenland, die jüdische Kabbala und Magie. Hexen kommen eher aus dem alten, heidnischen Europa, Germanen, Kelten, Slawen, mehr Naturmagie.
Beide streben nach Erkenntnis und höheren Bewusstseinskräften, beide verwenden Rituale, Trancezustände, bewusstseinsverändernde Substanzen. In den neueren Entwicklungen (des 20. Jahrhunderts) vermischen sich die beiden Begriffe immer mehr. So enthält etwas die Chaosmagie Einflüsse von Crowley, der eindeutig zur magischen Strömung im obigen Sinn gehört, als auch von Austin Osman Spare, einem "Zauberer", der ohne Vermittlung von Göttern aus dem Unbewussten schöpft. Eine andere neue Entwicklung des Hexenkults ist bei
Andrew Chumbley zu sehen.
Beides sind tiefgründige, beliebig kombinierbare Wege. Magier und Hexe sind Oberbegriffe, hinter denen sich derart verschiedene Dinge verbergen können, dass es kaum möglich ist zu sagen, worin nun die Unterschiede zwischen den beiden Begriffen wären.