1948 wurde Gröning wegen Verstoßes gegen das Heilpraktikergesetz zu einer Geldstrafe sowie Haft auf Bewährung verurteilt.
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Ein Prozess wegen Verstoß gegen das Heilpraktikergesetz gegen Gröning fand 1951/52 statt. Ein Freispruch erfolgte nur, weil nicht nachgewiesen werden konnte, dass er wissentlich gegen das Gesetz verstossen hatte. Dadurch entfiel der Vorsatz. Dieses Urteil belehrte ihn aber über das Heilpraktikergesetz und dadurch war ihm ein weiteres öffentliches Auftreten von nun an untersagt.
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1958 verurteilte das Landgericht München II Gröning wegen fahrlässiger Tötung zu acht Monaten Freiheitsstrafe; zur Last gelegt wurde ihm der Tod eines lungenkranken Mädchens, weil er die Kranke der ärztlichen Behandlung entzogen hatte. Gröning gingt in Revision. Das Verfahren wurde nach dem baldigen Tod des Angeklagten eingestellt.