Kontroversen haben
antisemitische Thesen in ihrem Werk ausgelöst. So stellt sie in
Esoterisches Heilen über die Geschichte der Juden, wie sie im
Alten Testament erzählt wird, fest, dass diese auf „derselben Ebene wie das Verhalten der Deutschen in der Gegenwart“ (S. 289) liege. Da dieser Text während des
Zweiten Weltkrieges verfasst wurde, wird hier folglich eine Gleichsetzung
alttestamentlicher jüdischer Geschichte, die von aggressiven Handlungen erfüllt sei, und des
Holocaust unternommen. Die Verfolgung der Juden sei Ergebnis eines negativen
Karmas, das diese durch die „Frevelhaftigkeit ihres Handelns“ (ebd., S. 290) angehäuft hätten, sodass alles, was ihnen während der Naziverfolgung widerfuhr, „symbolisch und tatsächlich den Preis für alles, was sie in der Vergangenheit getan haben“ (ebd.) darstelle. Als Beispiel für diese Frevelhaftigkeit wird u. a. die „deutliche Grundtendenz des hebräischen Volkes, zu täuschen und zu übervorteilen“ (ebd., S. 293) genannt. Nur vollständige
Assimilation könne das jüdische Problem lösen: „Das Problem wird gelöst werden, wenn der Jude bereit ist, sich der Zivilisation, der kulturellen Tradition und dem Lebensstandard eben jener Nation anzupassen, in die Geburt und Erziehung ihn hineinstellten“ (ebd., S. 293). Das jüdische Problem kann nach Bailey also nur gelöst werden, indem die Juden aufhören, Juden zu sein. Bailey verurteilt aber ebenso die Gräueltaten der Verfolger: „Was ich gesagt habe, mildert in keiner Weise die Schuld derer, welche die Juden so schwer mißhandelt haben“ (ebd., S. 292).