Seit 1986 ist Cruise Anhänger und Mitglied von Scientology.[10] 2004 wurde er mit der IAS (International Association of Scientologists) Freedom Medal of Valor (etwa: Freiheitsmedaille der Tapferkeit) ausgezeichnet, dem höchsten von Scientology verliehenen Orden.[11] Zum Zeitpunkt der Verleihung bekleidete er den Rang eines OT VI (Operating Thetan Level VI, etwa: Operierender Thetan Stufe 6), stand aber kurz vor dem Erreichen der nächsthöheren Stufe OT VII (d.h. der zweithöchsten von acht praktisch erreichbaren OT-Stufen). [12][13]
Seit seiner Trennung von Nicole Kidman 2001 tritt er häufig für Scientology in der Öffentlichkeit auf. Er wirbt für die Bewegung nicht nur unter prominenten Kollegen, sondern auch unter seinen Fans um Mitglieder. Außerdem hat er sich 2004 und 2005 bei seinen Deutschland- und Frankreichbesuchen explizit bei zuständigen Politikern für Scientology eingesetzt.[14] In einem Interview mit dem Nachrichtenmagazin Der Spiegel anlässlich des Starts von Krieg der Welten, in dem Cruise die Hauptrolle spielte, nannte er Hass als Ursache für die Kontroversen in Deutschland.[15]
Entsprechend der Wertvorstellungen von Scientology ist er gegenüber der Psychiatrie negativ eingestellt. So attackierte er die Schauspielerin Brooke Shields in zwei Fernsehinterviews[1][2] heftig, weil sie in einem Buch[16] beschrieben hatte, wie sie ihre Wochenbettdepression erfolgreich mit dem Medikament Paroxetin behandelt hatte. Im Zuge der Auseinandersetzung behauptete Cruise, Psychiatrie sei eine Pseudowissenschaft. Shields antwortete darauf später in einem Beitrag in der New York Times unter anderem mit dem Satz: Kommentare wie diese zeigen ein komplettes Unwissen über die Wochenbettdepression und die Geburt eines Kindes an sich".[17] Auch die Berufsvereinigung der Psychiater wies seine Behauptungen zurück, da sie Leute davon abhalten würden, Hilfe zu suchen[18]; eine medizinische Fachzeitschrift bezeichnete ihn als gefährlich und unverantwortlich.[19] Ein Jahr später entschuldigte sich Cruise persönlich bei Brooke Shields.[20] Sein Sprecher stellte jedoch klar, dass sich seine Position gegenüber Antidepressiva nicht geändert habe.[21]
Eine mögliche Ehrenbürgerschaft Cruise' von Paris scheiterte am Veto der stellvertretenden Bürgermeisterin und des Stadtrates[22][23], die diese unter Hinweis auf seinen Einsatz für Scientology untersagten.
Anfang 2008 erregte Cruise' Person erneut Aufsehen, da ihn Andrew Morton in seinem Buch Tom Cruise. Der Star und die Scientology-Verschwörung[24] als einen der maßgeblichen Köpfe der Scientology-Kirche darstellt. Cruise soll angeblich bei allen wichtigen Entscheidungen zu Rate gezogen werden, allerdings haben sowohl er wie auch sein Anwalt alle Vorwürfe zurückgewiesen und das Buch als ein Bündel Lügen bezeichnet.
Im Zusammenhang mit einem auf dem Internet-Videoportal YouTube aufgetauchten Video verglich der deutsche Journalist Guido Knopp Cruise mit Hitlers Propagandaminister Joseph Goebbels.[25] Andrew Morton bezeichnete den Vergleich angesichts der unterschiedlichen Position der beiden als unsinnig, ungeachtet Cruise' rhetorischer Fähigkeiten.[26]