Seit mindestens 2000 sind traditionelle USDA 1992 basierende Ernährungspyramiden umstritten, einerseits da kein Rückgang der ernährungsbedingten Zivilisationskrankheiten zu verzeichnen war und auch die stärker werdende Evidenzbasierte Medizinische Forschung die Empfehlung in Frage stellte.[16][17] Langzeituntersuchungen (Nurses' Health Study) in den USA haben ergeben, dass Personen, die vorwiegend Kohlenhydrate in Form von Weißmehl und Zucker zu sich nehmen, eher an Übergewicht und anderen Zivilisationskrankheiten leiden. Ein differenzierteres Wissen über Teilmengen der Lebensmittelgruppen ist ebenfalls ein Ergebnis der Forschung, so dass komplexere, differenziertere Empfehlungen zu erwarten sind (z.B. Fischfette gegenüber anderen tierischen Fetten[29][30]), als sie bis jetzt in Pyramiden abgebildet sind.
Auch die in den Ernährungspyramiden häufig vertretene Empfehlung 5-Portionen Gemüse/Obst am Tag wird durch Studien in Frage gestellt, beispielsweise die europäische EPIC-Studie. In dieser wurde über 8 Jahre und mit einer halben Million Studienteilnehmern der Zusammenhang von Ernährung und Krebs untersucht, die erwartete signifikante Schutzwirkung durch Gemüse und Obst konnte jedoch nicht bestätigt werden.[31][32][33]
An neueren Pyramiden, die vor allem auf dem Glykämischen Index basieren (Logi, Willett etc.), übt die DGE die Kritik, dass sie qualitative Aussagen (hierarische Ebene der Einordnung von Nahrungsmitteln) mit quantitativen (Größe der Pyramidenstufe) vermengen, was zu Verwirrung der Verwender führen kann.[2]
Aufgrund der neuen Erkenntnisse und der kontroversen Meinungen, gibt es derzeit keine übereinstimmenden und eindeutigen Ernährungsempfehlungen von unabhängiger Seite.