Am 22. September 2005 behauptete Jones in einem Seminar an der BYU vor etwa 60 Studenten, die ermittelten Einsturzursachen der World Trade Center-Gebäude in New York City könnten nicht stimmen. Vielmehr seien die Gebäude durch eine kontrollierte Sprengung zerstört worden. Als Gründe für diese These führte er das Einsturztempo an, das angeblich dem des freien Falls entsprach, die Symmetrie des Zusammenbruchs, den seitlichen Ausstoß von Staubwolken und die Berichte über flüssiges Metall unter den Trümmern. Er forderte eine weitere wissenschaftliche Untersuchung, die eine kontrollierte Sprengung als mögliche Ursache einbeziehen sollte.[16] Er forderte die Regierung auf, alle relevanten Daten freizugeben. Die Wissenschaft rief er zu weiteren Untersuchungen auf, die eine kontrollierte Sprengung als mögliche Ursache einbeziehen sollten.[17]
Dazu publizierte er einen Artikel auf der Internetseite der Fakultät für Physik der BYU mit dem Titel Why Indeed Did the WTC Buildings Collapse?.[18] Er verteidigte dessen Thesen noch zweimal an der BYU und an weiteren US-amerikanischen Universitäten. [19]
Aufgrund seines Artikels distanzierte sich die BYU von Jones.[20] Mitglieder der Fakultät für Ingenieurswesen der BYU [21] und die Fakultät für Physik und Mathematische Wissenschaften wiesen seine Thesen öffentlich zurück und verwiesen darauf, dass seine Hypothesen und Interpretationen der Beweislage von Wissenschaftlern und Fachleuten in Frage gestellt würden.[22]
Drei wissenschaftliche Kollegen von Jones verteidigten seinen Aufsatz[23], und das Project Censored führte diesen als eine der wichtigsten Informationen auf, die 2007 von den Massenmedien zensiert worden seien.[24]
Der Aufsatz wurde von keiner wissenschaftlichen Zeitschrift herausgegeben, sondern nur in Eigenveröffentlichungen von Jones wie dem von ihm mitgegründeten Journal of 9/11 Studies[25] sowie in Büchern von David Ray Griffin[26] und in dem verschwörungstheoretisch orientierten Magazin Global Outlook.[27]
Am 7. September 2006 löschte Jones auf Verlangen der Universität seinen Artikel von der Internetseite der BYU und wurde von seiner Lehrtätigkeit freigestellt.[28] Die Universität äußerte Bedenken über die zunehmend spekulative und anklagende Art von Jones' Forschung, die voraussichtlich in unwissenschaftlichen Publikationen erscheinen werde. Deshalb begutachtete die BYU seine Arbeit auf drei Ebenen: der BYU-Verwaltung, der Fakultät für Physik und Mathematische Wissenschaften und dem Institut für Physik. Jones begrüßte diese Begutachtung als Beitrag zur Verbreitung der Thesen seines Aufsatzes. Die Begutachtung wurde jedoch nach seiner Ankündigung, zum 1. Januar 2007 zu emeritieren, beendet.[29]
Die American Association of University Professors und die Foundation for Individual Rights in Education kritisierten Jones' Freistellung, nachdem sie so schon zuvor den Umgang der BYU mit der akademischen Freiheit kritisiert hatten. [30]
Jones gab einigen Zeitungen und Fernsehsendern Interviews und hielt viele öffentliche Vorträge zu dem Thema. Obwohl er davor warnte, eindeutige Schlüsse aus seinen Thesen zu ziehen [31], deutete er in seinen öffentlichen Auftritten stets Gewissheit über eine kontrollierte Sprengung und schuldhafte Beteiligung von Teilen der US-Regierung an.[32] In einem Interview behauptete er, die Anschläge vom 11. September seien ein inside job gewesen, den die Neokonservativen in der US-Regierung als Rechtfertung genutzt hätten, um ölreiche Staaten zu besetzen und die Militärausgaben überdimensional zu steigern.[33] Später distanzierte er sich von dieser Darstellung des Interviews und erklärte, dass diese Zitate nicht von ihm stammten und er nie von der Autorin des Artikels, Christina Asquith, interviewt worden sei. Die Zeitung habe seine Richtigstellung in einem Brief nicht beantwortet. Das Interview wurde auch nicht zurückgenommen.[34]
Im April 2008 veröffentlichte Jones mit einigen anderen einen Brief im The Bentham Open Civil Engineering Journal, einer kommerziellen Plattform für Texte mit wissenschaftlichem Anspruch, mit dem Titel: Fourteen Points of Agreement with Official Government Reports on the World Trade Center Destruction.[35] Er behauptet, dass die Berichte des National Institute of Standards and Technology und der Federal Emergency Management Agency ungenau seien und sich in ihren Schlussfolgerungen und Tatsachenfeststellungen widersprächen.
Im The Environmentalist erschien im August 2008 ein von ihm mit verfasster Beitrag, der die These einer Sprengung, etwa durch Nanothermit, erhärten soll.[36]
Jones gründete die Initiative Scholars for 9/11 Truth mit und war deren zweiter Vorsitzender unter James H. Fetzer. Von Mitte November bis Ende Dezember 2007 diskutierte er mit Fetzer, in welche Richtung sich die Organisation entwickeln solle. Fetzer warf Jones vor, jene Verschwörungstheorien zu 9/11 von Judy Wood und Morgan Reynolds zu missachten, die eine Zerstörung mit Energiewaffen oder Kein Flugzeug traf die Türme behaupteten.[37] Jones verwarf die Theorie der Zerstörung mit Mini-Atomwaffen, weil dafür keine empirischen Daten zu finden seien, und regte eine weitere Diskussion an.[38] Danach verließ er mit ca. 80 % der anderen Mitglieder die Gruppe und gründete Scholars for 9/11 Truth and Justice. Diese Initiative beansprucht, mit ausschließlich wissenschaftlichen Methoden zu arbeiten. Bis Mitte 2008 schlossen sich über 500 Wissenschaftler den Thesen von Jones an, ohne eigene Untersuchungen dazu vorzulegen
