Das Konzept des radikalen Konstruktivismus stößt in wissenschaftstheoretischen Abhandlungen auch auf Kritik. Die wesentlichen kritisierten Punkte lassen sich nach Rainer Schnell und anderen folgendermaßen zusammenfassen: Die Begründung für den radikalen Konstruktivismus basiert auf wissenschaftlichen Erkenntnissen, die nach seiner eigenen Definition keine Gültigkeit haben können, denn ein nicht vorhandener Zugang zur Wirklichkeit, wie ihn der radikale Konstruktivismus postuliert, kann als Teil der Wirklichkeit nicht erkannt werden. Somit hat der Radikale Konstruktivismus ein Selbstanwendungsproblem.
Diesem Einwand wird vom radikalen Konstruktivismus damit entgegnet, dass beispielsweise keine korrespondenztheoretische Bezugnahme auf die Ergebnisse der Gehirnforschung erfolgt: Es werde nicht behauptet, dass der Mensch Erkenntnisse konstruiert, während die Ergebnisse der Gehirnforschung tatsächlich mit der Realität korrespondieren. Vielmehr verhalte sich der radikale Konstruktivismus nur konsistent zu diesen Ergebnissen, d.h. er gehe lediglich davon aus, dass die Gehirnforschung nicht im Widerspruch zu seinen Annahmen steht. Methodologisches Prinzip ist nicht (realistische) Korrespondenz, sondern interne Kohärenz. Gerade die kohärenztheoretische Selbstanwendung dient einigen Spielarten des Konstruktivismus als Kontrollinstanz. Jedoch basieren diese Kohärenzen letztlich auf (konstruiertem) vermeintlichem Wissen bzw. setzen dieses voraus, was zum einen eine Problemverlagerung des Selbstanwendungsproblems darstellt, da weder Wissen über die Kohärenzaussage selbst noch über ihre Gegenstände existieren kann, zum anderen den metaphysischen Charakter der Theorie hervorhebt.
