Im Hinblick auf Gefährdung der Umwelt ist Gen-Raps die am meisten diskutierte Pflanzenart. Raps kann seinen Pollen kilometerweit verstreuen. Er findet seine Kreuzungspartner nicht nur auf dem nächsten Rapsfeld, sondern auch bei heimischen Wildkräutern. Zudem kann sich der Raps selbst unkontrolliert ausbreiten, da die Samen im Boden überwintern können. Untersuchungen aus England zeigten 2003, dass beim Anbau von Gen-Raps, der gegen Spritzmittel resistent gemacht wurde, im Vergleich zu normalen Raps die biologische Vielfalt auf dem Acker bedroht ist. In Kanada, wo Gen-Raps bereits massenhaft angebaut wird, finden sich die Gene regelmäßig auch im Bio-Honig. Gen-Raps, der durch Pollenflug mehrfache Resistenzen gegen Spritzmittel erworben hat, wurde von den kanadischen Behörden als Superunkraut bezeichnet.
Beim Anbau von Gen-Raps in Deutschland wären wirtschaftliche Schäden durch Pollenflug und eine Gefährdung der Umwelt unvermeidbar. Bisher ist in der EU der Anbau der Pflanzen nicht erlaubt, doch die Anträge werden bereits geprüft. Als erstes steht ein Antrag der Firma Bayer zur Prüfung an. Vor dem Hintergrund aktueller wissenschaftlicher Erkenntnisse spricht sich die belgische Regierung, die derzeit bei der Prüfung des Antrags der Firma Bayer federführend ist, gegen eine Erlaubnis des Anbaus aus. Bayer hat nun den Antrag teilweise zurückgezogen und will jetzt nur noch den Import, nicht aber den Anbau der Pflanzen genehmigen lassen.
Raps mit anerkanntem Restrisiko
In einem anderen Fall hat die EFSA für Gen-Raps bereits übereilt ihre Zustimmung gegeben: Im Jahr 2003 sprach sich die Behörde trotz deutlicher Auffälligkeiten und Mängel in den Antragsunterlagen für die Zulassung des Gen-Raps GT73 der Firma Monsanto aus. Im Antrag ging es zwar offiziell nicht um den Anbau der Pflanzen, sondern um den Import der Körner zur Verarbeitung in der EU. Übersehen hat die EFSA aber offensichtlich, dass diese Körner jederzeit gewollt oder ungewollt auch als Saatgut genutzt werden können. Selbst wenn diese Pflanzen zunächst nur auf kleinen Flächen wachsen würden, könnten sie sich in Europa dennoch unkontrolliert über Pollenflug verbreiten.
Diese Risiken hat auch die EU-Kommission erkannt: In einem nachträglichen Anhang zur Genehmigung der EFSA fordert die Kommission, dass die Firma Monsanto zusätzliche Maßnahmen ergreifen muss, um eine ungewollte Auskreuzung des Raps in der Umwelt zu verhindern. In der Praxis ist dies jedoch unmöglich: Untersuchungen aus Japan zeigen, dass sich Gen-Raps, der gar nicht für den Anbau vorgesehen war, in einem Umkreis von 30 Kilometern um die Importhäfen ausgebreitet hat. Die ungewollte Ausbreitung des Gen-Raps ist aber noch längst nicht das einzige Problem. Bei GT73 zeigten sich im Tierversuch zudem Auffälligkeiten wie zum Beispiel veränderte Lebergewichte.