Kein plausibler Ansatz eines Mechanismus
Es ist heute unbestritten, dass größere Verdünnungen als etwa 1:1024 was einer Potenzierung von D24 oder C12 entspricht statistisch gesehen kaum ein einziges Molekül der Ausgangssubstanz enthalten. Das entspricht ungefähr dem Auflösen einer Kopfschmerztablette im Atlantik. Hahnemann hätte dies bereits wissen können, da zu seiner Zeit schon das daltonsche Atommodell als gängige Lehrmeinung eine unendliche Teilbarkeit einer Stoffmenge verbot. Da die Herstellung der homöopathischen Arzneien üblicherweise nicht in einem keim- und staubgefilterten Reinraum durchgeführt wird, muss angenommen werden, dass im Verdünnungsprozess, etwa beim Öffnen des Mischgefäßes und der Zugabe von Verdünnungslösung, die Konzentration der Wirksubstanz zwar abnimmt, aus der Luft aber Verunreinigungen hinzukommen. Dies bewirkt, dass schließlich in den hochpotenzierten Präparaten außer der Trägersubstanz (Wasser, Ethanol oder Milchzucker) nur die Verunreinigung der Trägersubstanzen (alle drei enthalten metallische Verunreinigungen) und die Verunreinigungen aus der Umgebung enthalten sind. Auch die besten Filtrierverfahren lassen manchmal mehr Reststoffe im Wasser zurück, als sich homöopathische Wirkstoffe darin befinden. Somit kann eine Stoff-Wirkungsrelation nicht vernünftig untersucht werden.
Seitens der Homöopathen gibt es Spekulationen, dass eine Wirkung durch Information ermöglicht wird, die nicht molekular gespeichert und übertragen wird (der Franzose Jacques Benveniste hat auf diesem Gebiet geforscht). Wirkstoffe sollen beispielsweise Abdrücke in Wasserclustern hinterlassen, die dann an andere Wassercluster weitergegeben werden. Für diese Theorien gibt es jedoch keine Grundlage. Angenommen, diese Informationsspeicherung würde funktionieren, dann stellt sich die Frage, wie lange eine solche Speicherung erhalten bleibt. Sind die Cluster stabil, dann muss das Wasser vor der Verwendung gereinigt werden, denn sonst würde es noch alte Informationen enthalten. Falls sie nicht stabil sind, würde eine homöopathische Arznei schnell unwirksam. Was mit diesen spekulativen Speicherclustern nach der Einnahme durch den Patienten geschieht, bleibt dann aber der reinen Phantasie überlassen. Der Clusteransatz kann jedenfalls die Wirkung homöopathischer Mittel in ungelöster Form (Globuli) nicht erklären und bleibt als generelle Erklärung unzureichend. Wer eine Wirksamkeit potenzierter homöopathischer Präparate annimmt, akzeptiert damit implizit, dass das naturwissenschaftliche Weltbild, wie es in den Schulen vermittelt wird, falsch oder grob unvollständig ist.
Die homöopathische Medikation nach dem Ähnlichkeitsprinzip ist zudem nicht nachvollziehbar, da sie ausschließlich auf den äußerlich sichtbaren Symptomen des Patienten beruht und keine wissenschaftlichen Untersuchungen wie etwa Röntgenbilder, Ultraschall und Gewebeproben herangezogen werden. So müssen bei konsequenter Durchführung beispielsweise allergisch, bakteriell oder viral hervorgerufene Erkrankungen gleich behandelt werden, wenn sie dieselben Symptome zeigen.
Des Weiteren beruht die Medikamentenwahl ausschließlich auf der subjektiven Einschätzung des Homöopathen, ob Dinge äußerlich ähnlich sind oder nicht. Der Rorschachtest beispielsweise zeigt aber, wie unterschiedlich Wahrnehmungen interpretiert werden können und wie diese Interpretationen von Erfahrung und Fantasie abhängig sind. Es muss somit erwartet werden, dass die Behandlung einer Krankheit je nach Biographie des Homöopathen unterschiedlich ausfällt. Eine richtige homöopathische Behandlung gibt es nicht, da es keine einheitliche Vorstellung von Ähnlichkeit gibt.
Interne Widersprüche
An einigen Stellen sehen Kritiker auch Widersprüche in der homöopathischen Theorie und Praxis. So ist fraglich, warum nur die gewünschten Eigenschaften eines jeweiligen Stoffes durch eine Potenzierung ihre Wirkung verstärken und nicht auch die unerwünschten Nebenwirkungen bzw. die Wirkungen und Nebenwirkungen all der anderen Spurenelemente, Reststoffe etc., die sich außerdem noch im Alkohol/Wasser oder im Gefäß befunden haben.