Es kommt halt auf das Ziel drauf an. Wenn du dich entspannen willst, dann solltest du am besten im Liegen meditieren.
Die wenigsten spirituellen Traditionen sehen Entspannung als Ziel der Meditation, oder wenn, dann nur nebenläufig. Fast alle diese Schulen halten es für wichtig, dass du einen gesammelten, ruhigen und klaren Geist hast, der der längere Zeit in der Präsenz des Moments verweilen kann. Dafür ist Liegen denkbar ungeeignet, weil man sehr schnell in einen halbwachen Dämmerzustand übergleiten kann.
Um einen wachen Geisteszustand zu bewahren, ist es von grosser Wichtigkeit, dass die Wirbelsäule aufrecht ist. Es gibt verschiedene Sitzstellungen, die das bewirken. Ungeübte Meditierende besitzen noch zu wenig ausgebildete Muskeln im Rückenbereich, was dann bald zu Verspannungen und Schmerzen führen kann. Am besten ist der volle Lotus mit Kissen, am zweitbesten der halbe Lotus mit Kissen, am drittbesten Schneidersitz mit Kissen. Oder du nimmst einen Meditationsschemel (wie im Zen manchmal üblich) und kniest, das ist meine eigene persönlich favorisierte Variante.
Wichtig: Solange bloss Muskeln verspannt sind und die Schmerzen sich in einem "vernünftigen" Rahmen bewegen, darf eine unbequeme Stellung auch über längere Zeit gehalten werden. Es hilft dabei, vor und nach der Meditation einige einfache Dehnübungen oder Yoga-Stellungen auszuführen, um die Muskeln wieder geschmeidig zu machen.
Hingegen sollten besonders Gelenke nicht über längere Zeit hinweg in einer gedehnten, ungewohnten Haltung verharren. Während Muskeln sich wieder entspannen können (z.B. auch mit Hilfe von Massage), werden beispielsweise Kniegelenke unwiederruflich beschädigt, wenn über längere Zeit und wiederholt Meditationsstellungen eingenommen werden, die die Gelenke übermässig belasten. Während Muskelschmerzen ruhig einige Zeit lang ausgehalten werden können, sollten Gelenkschmerzen (oder auch Schmerzen durch überdehnte Sehnen/Bänder) möglichst nicht auftreten. Tun sie das, so sollte eine andere Meditationsstellung eingenommen werden, die Sehnen/Bänder und Gelenke entlastet.