Bereits kurz nach seiner Ankunft in Ceylon wurde Nanavira Thera von
Amöbenruhr (Amöbiasis) befallen. Diese Krankheit begleitete ihn den Rest seines Lebens und machte letztendlich die Praxis der
Geistessammlung, und damit Fortschritte auf dem
Pfad, unmöglich. Zur Bekämpfung der Amöbenruhr hatte Nanavira ein starkes Medikament bekommen (Entamide). Dieses hatte als Nebenwirkung eine starke Stimulation des Geschlechtstriebes (
Satyriasis) zur Folge – für Nanavira als Mönch eine zusätzliche Belastung. Von früheren intensiven
Meditationen auf hartem Boden war Nanavira des Öfteren wegen einer
Schleimbeutelentzündung der
Knie in Behandlung. Vor dem Hintergrund dieser Krankheiten ist auch sein Selbstmord zu sehen. Für Nanavira war ein Leben, welches keine Fortschritte im
Dhamma mehr ermöglichte wertlos. Mit seinem Arzt Dr. de Silva sprach Nanavira sowohl persönlich als auch per Brief oft über seine Krankheiten und die praktischen und philosophischen
Aspekte des
Suizids.
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Ein halbes Jahr vor Nanaviras Tod,
Neujahr 1965, besuchte Robin Maugham (ein Neffe
Somerset Maughams) Nanavira Thera in seiner
kuti und führte dort ein
Interview mit ihm für das Magazin
People. Daraufhin erschien ein zweiteiliger
Sensationsbericht in der Zeitschrift.
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