Der
MHC-II dient zur Präsentation extrazellulärer Antigene und wird nur von bestimmten Zellen, z. B. von
dendritischen Zellen, exprimiert. Die Peptid-Bindungstasche dieses Komplexes wird – solange er sich im ER befindet – durch eine
invariant chain, ebenfalls ein Peptid, blockiert. Erst die Verschmelzung des MHC tragenden
Vesikels mit einem
Phagolysosom und die Anwesenheit von HLA-DM, sowie das saure pH-Milieu verdrängen die
invariant chain aus der Peptid-Bindungstasche und ermöglichen die Bindung eines anderen Peptids. Dieses Peptid ist extrazellulären Ursprungs. Dort wurde ein Organismus (z. B. ein Bakterium) durch
Phagozytose, beispielsweise von einer
Dendritischen Zelle aber auch von
Makrophagen und B-Zellen, aufgenommen und im Phagolysosom in Fragmente zerlegt. Dies zeigt den völlig anderen Ursprung der Peptid-Fragmente, die auf MHC-II präsentiert werden. Dendritische Zellen präsentieren über MHC-II die Peptidfragmente den
CD4+-
T-Lymphozyten (T-Zellen). Diese können nun ihrerseits
B-Lymphozyten (B-Zellen) zur Antikörperproduktion aktivieren oder
Makrophagen dazu veranlassen, die phagozytierten Erreger im
Phagolysosom zu vernichten. Alle diese Zell-Zell-Kontakte zeigen den gleichen charakteristischen Aufbau, den man als
Immunologische Synapse bezeichnet.
Sowohl bei der Antigenpräsentation über MHC-I als auch über MHC-II muss sichergestellt sein, dass das präsentierte Peptid sich während des Aufenthalts auf der Zellmembran nicht löst und schlimmstenfalls durch ein anderes Fragment ausgetauscht wird. Diese nichtkovalente Bindung zwischen MHC und Peptid wird durch eine langsame on/off-Rate charakterisiert. Das bedeutet einerseits, dass die Bindung im Endoplasmatischen Retikulum sehr lange dauert (on-Rate), allerdings können einmal gebundene Peptide dann auch für sehr lange Zeit (über Tage) sehr stabil präsentiert werden (off-Rate). Eine weitere Sicherheitseinrichtung ist die Stabilität des MHC. Ohne gebundenes Peptid zerfällt der ganze Komplex und wird umgehend von der Zelle per Endozytose internalisiert.
Die MHC-Moleküle werden beim Menschen HLA (engl.
human leucocyte antigens) genannt. Dabei entsprechen dem MHC-I: HLA-A, B, C und dem MHC-II: HLA-DR, HLA-DQ und HLA-DP. Bestimmte HLA-Gene stehen in Verbindung mit der Entstehung von Autoimmunkrankheiten, wie
Morbus Bechterew,
Lupus erythematodes (SLE),
Insulin-abhängiger Diabetes Mellitus (IDDM) uvm.