Alle Proteine denaturieren in der Magensäure. Der Vorteil von der Milch im Kaffee (im Gegensatz zu Milch ohne Kaffee) ist, das die Eiweiße eben schon an den sauren Kaffee gebunden sind und sich nicht an die Magensäure binden müssen. Von daher müsste das -- zumindest in der grauen Theorie -- sogar besser verträglich sein als pure Milch.
Ich kann jetzt natürlich auch was ganz elementares Übersehen, in der biochemischen Theorie sieht doch so manches immer etwas leichter aus als es im Menschen dann tatsächlich ist, aber bei den geringen Mengen dürfte der Effekt sowieso minimal sein.
Generell kann ich empfehlen (wenn ich schon nicht zur Erklärung des Problems beitragen kann) den Schritt weg vom industriell gerösteten Kaffee zu zu machen und sich mal kleinere Röstereien anzuschauen. Die Industrie röstet die Bohnen bei ~500° C weil es eben schön schnell (2-3 Minuten) geht. Dadurch schmeckt das Zeug dann total bitter und man braucht Milch damit man es überhaupt runter bekommt. Kleinere Betriebe arbeiten oft mit Temperaturen um die 200° C was dann zwar deutlich länger braucht (15-20 Minuten), aber deutlich weniger bitteren Kaffee hervorbringt den die meisten Menschen, die sonst nie ohne Milch konnten, auch so genießen können.