Die Methode ist wissenschaftlich nicht plausibel und ihre Wirksamkeit konnte in Untersuchungen nicht belegt werden. So stellte Stuart Coupland bei der Anwendung von Hemi-Sync eine verstärkte Asymmetrie zwischen den Hemispären fest - anstelle der gewünschten Symmetrie.[3] Gegen die erhoffte Wirkung spricht auch, dass die Tonsignale auf den Hirnstamm und nicht auf die Hemisphären wirken.[4][5] Es gibt vereinzelt Überprüfungen anderer Autoren, z.B. eine Studie von 2004, bei welcher Patienten in Vollnarkose zusätzlich HemiSync-Kassetten hörten, was teilweise deutlich verringerten Narkotikabedarf bewirkte.[6] Im Auftrag der US-Armee untersuchte das United States National Research Council Geräte zur Hemisphärensynchronisation. Es kritisierte das an vorliegenden Studien zur Wirksamkeit der Geräte, dass Placebo-, Compliance- und Erwartungseffekte nicht berücksichtigt würden, und dass man Statistische Variablen durcheinanderbringe.[7]
George Adelmann warnte, dass die pulsierenden Reize, wie sie bei Hemi-Sync eingesetzt werden, epileptische Anfälle auslösen können.[8] Das Monroe-Institute empfahl dennoch Hemi-Sync zur Behandlung von Epilepsie.[9]
Monroe selbst hat keine wissenschaftlichen Publikationen über seine Methode vorgelegt.