Anerkennung als Studien- und Forschungseinrichtung findet das Institut heute im Wesentlichen bei religiös motivierten Gruppen. Aufgrund seiner Nichtakzeptanz wissenschaftlicher Theorien über Sexuelle Identität und seiner Ablehnung der Homosexualität wird das Institut von Psychologenverbänden und -kammern nicht anerkannt. Das Institut vertritt Haltungen, die im Widerspruch zu den heute in Psychiatrie und Psychologie etablierten Auffassungen von Homosexualität stehen und von den weltweit führenden psychiatrischen und psychologischen Organisationen wie der APA stark kritisiert werden:[10] So vertritt das DIJG beispielsweise die Grundansicht, Homosexualität sei eine Störung, die auf chronische Traumata zurückgehe.[11] Ganz besonders eindrücklich gewarnt wird in diesem Kontext vor den auch vom Institut veröffentlichten[12] "Reparativen Therapien" bzw. "Konversionstherapien". Solche Therapien, die das Ziel haben, Homosexuelle zu Heterosexuellen zu machen, hätten potentiell schädigende Wirkung für die Therapierten und werden deswegen von den weltweit führenden psychiatrischen und psychologischen Organisationen verurteilt.[10]
Aufgrund der starken Fokussierung des Instituts auf das Thema Homosexualität wird Kritik zwar vor allem von Homosexuellenorganisationen geäussert, aber Parteien und Journalisten haben ebenfalls die Seriosität des Instituts in Frage gestellt, sofern das Institut in der Öffentlichkeit auftrat. Im Kontrast zu der vom Institut behaupteten Anerkennung durch Bundes- und Landesbehörden, die es nicht näher spezifiziert, wurde das Bundesministerium der Verteidigung im Frühjahr 2000 veranlasst, sich von Veröffentlichungen des Instituts zu distanzieren.[13] Die Entscheidung der CDU/CSU-Fraktion im Deutschen Bundestag, die Institutsleiterin zu einer Anhörung über Adoption durch gleichgeschlechtliche Paare einzuladen, wurde von anderen Parteien und selbst parteiintern von den Lesben und Schwulen in der Union (LSU) stark kritisiert: In den Gutachten und Artikeln des Instituts werde ihrer Ansicht nach unter anderem aus bereits als wissenschaftlich unseriös entlarvten Studien zitiert, und der Forschungsstand werde insgesamt nur sehr einseitig aufgearbeitet.