Bill Cooper war der Sohn eines Offiziers der US Air Force. Auf Grund der unterschiedlichen Dienstorte seines Vaters zog die Familie oft um. 1961 machte er seinen High-School-Abschluss an einer amerikanischen Schule in Tachikawa in Japan.[2] Anschließend leistete er vier Jahre seinen Militärdienst bei der Air Force ab und wechselte 1965 zur US Navy. Dort brachte er es bis zum Petty Officer. Im Vietnam-Krieg kommandierte er ein Patrouillenboot. Nach eigenen Angaben war er anschließend für den Geheimdienst der Marine tätig.
1991 veröffentlichte er sein Buch Behold a Pale Horse (der Titel zitiert Offb 6,8 EU), in dem er sich mit Ufologie, Verschwörungstheorien, Geheimgesellschaften und Korruption auseinandersetzt.[4] Dabei gab er an, es handele sich um interne Informationen, die er in seiner Zeit beim Geheimdienst bekommen habe. Seit 1992 verbreitete er seine Sicht auch in der Radiosendung Hour of the Time, die von einem Kurzwellensender ausgestrahlt wurde. 1995 warf er in einer Veröffentlichung der Bundessteuerbehörde der Vereinigten Staaten und dem Amt für Alkohol, Tabak, Schusswaffen und Sprengstoffe vor, in kriminelle Machenschaften verwickelt zu sein.
1998 wurde er wegen Steuerhinterziehung angeklagt und drohte auf seiner Webseite, er werde sich einer Festnahme mit Waffengewalt widersetzen.
William Cooper wurde in der Nacht auf den 6. November 2001 unweit seines Hauses in Eagar, Arizona von Polizisten erschossen, als er sich seiner Verhaftung widersetzte.
