Indymedia Deutschland erzielte Nominierungen und Preise, u. a. die Nominierung für den Grimme Online Award und einen Preis der Rosa-Luxemburg-Stiftung. 2002 wurde Indymedia.de von der Jury des poldi-Awards zur „besten Online-Initiative im Bereich "Wissenschaft, Bildung und Kultur"“ gekürt. [11] Die Verleihung des Poldi führte unter anderem zu Kritik von Ronald Schill und vom CDU-Politiker Wolfgang Bosbach, der dies mit „verfassungsfeindlichen Inhalte[n]“, die er bei Indymedia sieht, begründete.[12][13] Florian Rötzer sah diese Kritik bei Telepolis als Versuch, einen „politische[n] Skandal auf[zu]bausch[en]“ und meinte, der Jury müsse „Anerkennung gezollt werden, eine sicherlich in vielen Hinsichten für eine Politik der Mitte nicht angenehme, manchmal auch problematische, aber der linken und globalisierungskritischen Bewegung eine Stimme verleihende Publikationsinitiative […] mit einem Preis ausgezeichnet zu haben“.[14] Auch in anderen Ländern gab es zahlreiche Auszeichnungen für die Arbeit des Mediennetzwerkes. Nach dem 2006 Indymedia-Reporter Brad Will in Oaxaca, Mexico durch Beamte der Stadt erschossen wurde, wurde Indymedia vom mexikanischen Journalistenverband und der Antonio Sáenz de Miera Foundation für die „cooperation without orders“ ausgezeichnet. [15]
Im Mai 2008 wurde indymedia Deutschland als eines von sechs herausragenden deutschen Internetprojekten mit einer .org Domain ausgezeichnet. Neben indymedia wurden auch: netzpolitik.org, Human Rights Watch, die Wikimedia-Stiftung, bundesrepublik.org sowie die Organisation für wirtschaftliche Zusammenarbeit und Entwicklung ausgezeichnet. Die Veranstaltung fand im Haus der deutschen Wirtschaft in Berlin statt. Eingeladen wurde durch die Public Interest Registry (PIR), welche seit fünf Jahren für die Vergabe von. org Domains zuständig ist.