Das esoterische Konzept der Indigo-Kinder wird nicht durch Erkenntnisse der Psychologie, Kinder- und Jugendpsychiatrie oder Pädagogik gestützt und fand im wissenschaftlichen Diskurs kaum Resonanz.
Während sich für Anhänger der Idee von den Indigo-Kindern ein umfangreiches Angebot an Literatur, Websites und Produkten wie Reisen, Beratungen und Seminare etabliert hat, werden Kritik und Warnungen zu deren Konzept etwa von Autoren aus dem Umfeld von Sektenberatungen[8] oder der Skeptikerbewegung[9] geäußert.
Der US-amerikanische Psychiater Russell Barkley wirft Anhängern der Theorie vor, sie lieferten keine empirische Beweise für die Existenz von Indigo-Kindern und ihrer Verhaltensweisen, die so allgemein beschrieben seien, dass sie für die meisten Menschen zutreffen könnten. Dass viele Menschen darin sich oder ihre Kinder wiedererkennen, schreibt er dem Barnum-Effekt zu. Er kritisiert auch, dass durch Zuschreibung Indigo-Kind kranken Kindern eine angemessene und hilfreiche medizinische Diagnose und Behandlung vorenthalten werden könne.[10][11]
Auch wird die Vermarktung des Konzeptes Indigo-Kinder kritisiert, da oftmals Wirkstoffe, Literatur und Seminare dazu angeboten werden, die keiner wissenschaftlichen Überprüfung ihrer Wirksamkeit standhalten können.[8][12]
Das Organ der Skeptikerbewegung in den USA, Skeptics Dictionary, spitzt die Kritik so zu: The main thesis of The Indigo Children is that many children diagnosed as having Attention Deficit Hyperactivity Disorder are actually space aliens. (Laut der Hauptthese über die Indigo-Kinder sind viele Kinder, bei denen ADHS diagnostiziert wurde, in Wirklichkeit Außerirdische.).
