Sonst gilt der Ordensmann als gemäßigt und dialogbereit. Laut Kathpress steht er der konservativen und sozial engagierten Bewegung Communione e Liberazione nahe. Bergoglio ist trotz allem auch in Argentinien nicht unumstritten. Gerade in Sexualfragen gilt er als konservativ. Erfolglos kämpfte er mit einer Kampagne gegen die Legalisierung der Homo-Ehe.
Während der Militärdiktatur war Bergoglio Provinzial der Jesuiten. Ein erst vor wenigen Jahren aufgetauchter Vorwurf beschäftigte sich mit seiner angeblichen Nähe zur Junta. Speziell ging es um Entführungen von damals als subversiv eingestuften Personen, darunter auch Ordensbrüder. Bergoglio soll diese Jesuiten damals nicht vor der Verfolgung geschützt haben.
Er jedoch erklärte, er habe wenige Tage vor dem Staatsstreich im Jahr 1976 die beiden Padres vor der Gefahr gewarnt. Das Angebot, sie zu schützen, hätten die beiden Priester jedoch abgelehnt.